La Lonja está regida por una Junta Rectora integrada por 12 miembros elegidos por sufragio universal de los adheridos a partes iguales entre comerciantes, industriales y agentes comerciales, y 3 miembros designados por la Cámara Oficial de Comercio, Industria y Navegación de Barcelona .
Actualmente, los miembros de la Junta Rectora son:

Presidente:
Aureli Casabona i Bel *
Vicepresidente:
Josep M. Riera Roura
Tesorero:
Lluís Bou i Gelabert
Contable:
Josep Ayneto i Peiron *
Vocales:
Víctor Blanc i Marfà
Josep Lluís Esteban i Mur
Raimon Domènech i Suñer
Josep Vallverdú i Simó
Josep M. Ricomà i Virgil *
Miquel Vila i Aymerich
Joaquim Garcia i Sánchez
Rosa Grau i Salas
Ramon Vilajosana i Capdevila
Josep M. Bonora i Dàsquens
Josep M. Torremorell i Mangues

* Designados por la Cámara Oficial de Comercio, Industria y Navegación de Barcelona
El órgano supremo de gobierno de la Lonja es la Asamblea General, que está constituida por todos los adheridos con más de un año de antigüedad que estén al corriente del pago de su cuota y no hayan sido sometidos a ningún expediente disciplinario que les impida participar.